天然气热水锅炉安装完成之后，就要进行燃烧机调试运行，点火开始后，当温度接近运行温度时，准备向外供热，燃烧机的火势宜缓。要先小火启动，待火势正常运行后，再进行大火燃烧，切不要一上来就开始大火燃烧。
在天然气热水锅炉供热时应将供热阀门略微开启，让微量热水就行流动，速度不能过快以达到暖管的作用，同时将管道上的泄水阀开放，让冷凝水泄出，冷凝水排放应直接排放到下水管道内，或者跟随排污管同向。暖管时间按照管道的长度、直径、温度等情况决定，一般不低于30分钟。
天然气热水锅炉暖管时需要关注热水管道的膨胀和管道支架的情况，如发现有异常时，应停止暖管，并排除故障和缺陷。待管己热，管道上冷凝水逐步减少后，方能全开供热阀。开启时应缓慢进行，需注意天然气热水锅炉 各部位是否有特殊的响声，如有，马上检查。如有需要时停炉检查。
待全方位检查天然气热水锅炉没有故障和缺陷后，再把供热阀完全打开，完全打开后应将供热阀手轮退还半圈，避免热胀后不能旋转等缺点。天然气热水锅炉 供热后应再一次核检附属零件、阀门仪表等，以达到好的运行状态。