医用废水处理设备的应用原理就是利用各种技术和手段，将废水中所含的污染物质分离消除、回收利用可能会其转化成无害物质，使水获得净化。现代废水处理工艺按原理归纳为物理处理法化学处理法、生物处理法三类；按处理程度划分，归纳为一级处理、二级处理和三级处理，三级处理又叫先进的处理。
物理处理法是利用物理作用分离废水中呈悬浮国体状态污染物质的方法。主要方法有：格栅截留法、沉淀法、气浮法和过滤法等。
化学处理法是利用化学反应的作用分离回收废水中各种污染物质的方法，医用废水处理设备只要用于处理工业废水。主要方法有：中和、混凝、电解、氧化还原、汽提、萃取、吸附和离子交换等。
生物处理法是利用医用废水处理设备中的微生物的代谢作用使废水中呈溶解、胶体状态的有机污染物转化成稳定的无害物质的方法。主要方法有好氧法和厌氧法两类，好氧法广泛使用于处理城市废水及有机性工业废水，厌氧法则多用于处理高浓度有机废水与废水处理流程中产生的污泥。